Hầu Hiếu Hiền sinh năm 1947 trong một gia đình người Khách Gia ở huyện Mai, Quảng Đông, Trung Quốc. Cả gia đình Hầu Hiếu Hiên chuyển sang Đài Loan chỉ một năm sau đó. Sau khi tốt nghiệp phổ thông tại thành phố Phượng Sơn, huyện Cao Hùng, Hầu Hiếu Hiền theo học đại học tại Học viện Nghệ thuật Quốc gia Đài Loan.

Năm 1973 Hầu Hiếu Hiền bắt đầu sự nghiệp điện ảnh trong vai trò trợ lý và biên kịch của đạo diễn nổi tiếng Lý Hành. Năm 1980 ông đạo diễn bộ phim đầu tay, Tựu thị lựu lựu đích tha (就是溜溜的她). Năm 1983 Hầu Hiếu Hiền hợp tác với hai đạo diễn khác là Vạn Nhân Cân và Tăng Tráng Tường cho ra đời Nhi tử đích đại ngoạn ngẫu (兒子的大玩偶), tác phẩm này đã đánh dấu sự ra đời của một trào lưu điện ảnh mới ở Đài Loan, trào lưu Làn sóng mới với rất nhiều bộ phim nghệ thuật có giá trị cao.

Ngay từ thời kì đầu, Hầu Hiếu Hiền đã tự tạo cho ông một sự độc lập trong việc làm phim, ông thường tự đứng ra sản xuất cho các bộ phim mình đạo diễn, ông cũng có một nhóm cộng tác thân cận đó là các nhà biên kịch Châu Thiên Văn, Ngô Niệm Chân và nhà quay phim Lý Bình Tân. Hầu Hiếu Hiền bắt đầu gây được tiếng vang quốc tế với bộ phim Đồng niên vãn sự (童年往事, 1985). Từ cuối thập niên 1980, ông bắt tay vào thực hiện bộ ba phim về Đài Loan, Bi tình thành thị (悲情城市, 1989), Hỉ mộng nhân sinh (戲夢人生, 1993) và Hảo nam hảo nữ (好男好女, 1995). Đây là ba bộ phim tâm lý xoay quanh số phận của những người Đài Loan và Trung Quốc trong những biến động lịch sử của thế kỉ 20. Cả ba tác phẩm đều được đánh giá rất cao vì nội dung sâu sắc cùng phong cách thực hiện rất riêng của Hầu Hiến Hiền. Bi tình thành thị đã đem lại cho đạo diễn giải Sư tử vàng tại Liên hoan phim Venezia, ông là đạo diễn Đài Loan đầu tiên và cũng là đạo diễn người Hoa đầu tiên được trao giải thưởng này. Liên hoan phim Cannes cũng trao tặng Hầu Hiến Hiền Giải thưởng của Ban giám khảo với bộ phim Hỉ mộng nhân sinh. Còn Hảo nam hảo nữ đã đem về cho ông chiến thắng tại hạng mục Đạo diễn xuất sắc nhất của giải Kim Mã Đài Loan.

Sau bộ ba phim về Đài Loan, Hầu Hiếu Hiền tiếp tục cho ra đời những tác phẩm được đánh giá cao như Hải thượng hoa (海上花, 1998) hay Thiên hi mạn ba (千禧曼波, 2001). Năm 2003 ông được hãng Sochiku mời sang Nhật Bản để thực hiện bộ phim Café Lumière, đây là tác phẩm được làm để kỉ niệm 100 năm ngày sinh của đạo diễn huyền thoại của điện ảnh Nhật Bản Ozu Yasujirō, các bộ phim của Hầu Hiến Hiền cũng thường được so sánh với phim của Ozu vì sự tinh tế và chủ nghĩa tối thiểu trên màn ảnh. Năm 2005 ông cho ra đời bộ phim gây tiếng vang ở Liên hoan phim Cannes, Tối hảo đích thì quang (最好的時光). Bộ phim kể lại ba câu chuyện tình diễn ra trong ba thời điểm khác nhau trong quá khứ và hiện tại với hai diễn viên chính là Thư Kì và Trương Chấn. Bộ phim đã đem lại cho Hầu Hiếu Hiền giải Nhà làm phim Đài Loan của năm tại giải Kim Mã, Thư Kì cũng là người chiến thắng giải Kim Mã cho Vai nữ chính xuất sắc nhất nhờ bộ phim này. Năm 2006 đạo diễn được mời sang Pháp để thực hiện bộ phim Le voyage du ballon rouge, đây là tác phẩm điện ảnh phương Tây đầu tiên của ông, phim đã được chọn chiếu mở màn ở hạng mục Un Certain Regard tại Liên hoan phim Cannes 1997.